• POKORNÁ Magdaléna. Milován a sledován. Český spisovatel Prokop Chocholoušek 1819 – 1864, Praha 2001, 157 s.
• POKORNÁ Magdaléna. Josef Němec. Neobyčejný muž neobyčejné ženy, Nakladatelství Academia Praha 2009, 335 s.
• POKORNÁ, Magdaléna,  Jedna hora vysoká je a druhá je nízká, Karel Havlíček a jeho souputníci ve vzájemné korespondenční a literární komunikaci, Nakladatelství Lidové noviny, Praha 2016, 186 s.
• POKORNÁ, Magdaléna, Jen žádný rámus, pánové! Česká společnost v padesátých letech 19. století, Nakladatelství Academia, Praha 2024, 711 s.

B. Vědecké edice

• ADAM Robert, JANÁČKOVÁ Jaroslava, POKORNÁ Magdaléna, SAICOVÁ ŘÍMALOVÁ Lucie, WIMMER Stanislav. (Edd.) Božena Němcová, Korespondence I-IV. 1844-1862, Praha 2003-2007.
• POKORNÁ Magdaléna, KOUDELKOVÁ Kateřina, MALÁ Marie ve spolupráci s Hedvikou HONZÁTKOVOU a Jarmilou HURTOVOU. (Edd.). Spoléhámť se docela na zkušené přátelství Vaše… Vzájemná korespondence Josefa Jirečka a Václava Vladivoje Tomka z let 1858-1862, Praha 2008, 298 s., včetně zde publikované předmluvy s. 7-43.
• ADAM, Robert a kol., Karel Havlíček, Korespondence I. 1831-1842, Nakladatelství Lidové noviny, Praha 2016.
• BENEŠ, Zdeněk, POKORNÁ Magdalena (eds.), František Kutnar, O dějinách, lidu a lidech, Červený Kostelec 2019.
• ADAM, Robert a kol., Karel Havlíček, Korespondence III. 1845-1847, Nakladatelství Lidové noviny, Praha 2020.
• CHARVÁT, Petr, POKORNÁ, Magdalena (eds.), Archeologie v národním obrození – národní obrození v archeologii, Praha 2021.
• ADAM, Robert a kol., Karel Havlíček, Korespondence IV. 1848, Nakladatelství Lidové noviny, Praha 2021.
• ADAM, Robert a kol. Karel Havlíček, Korespondence V. 1849-1851, Nakladatelství Lidové noviny, zatím v tisku, s předpokládaným vročením 2025
• KESSLER, Vojtěch, KVĚTINA, Jan, POKORNÁ, Magdaléna (eds.), Dokud vlak nezastaví. Historie habsburského prostoru k jubileu Milana Hlavačky, Masarykův ústav a Archiv AV ČR, Historický ústav AV ČR, Praha 2025

Původní práce v časopisech

• NOVÁKOVÁ Magdaléna. Obraz národních dějin v českých časopisech let 1860 – 1867 v konfrontaci s jejich pojetím v učebnicích a čítankách. Literární a publicistické zdroje Historického vědomí v 19. a 20. století I. .Acta Universitatis Carolinae –Philosophica et Historica 3- Studia Historica XXXIII. 1988. S. 61 – 88.
• POKORNÁ Magdaléna. Společenské uplatnění členů České akademie věd a umění v období od května 1945 do února 1948. Dějiny věd a techniky 1990, 23, č. 2, s. 65 – 77.
• POKORNÁ Magdaléna. Sté výročí České akademie věd a umění. Věstník ČSAV 100, 1991, č. 1, s. 11-14.
• POKORNÁ Magdaléna. Politická perzekuce P. Chocholouška (1848 – 1861), Česká literatura 1997, 45, č. 1, s. 90-113.
• POKORNÁ Magdaléna. Zeyerův fond při České akademii věd a umění, Česká literatura 2001, 49, č. 1, s. 95-103.
• POKORNÁ Magdaléna, „Ale kde je smýšlení rakouské?“ Vzájemná korespondence Josefa Jirečka a Václava Vladivoje Tomka z let 1858-1862, Dějiny a současnost 2007, 29, č. 10, s. 24-29.
• Informační panely v regionech České republiky. [Aut.]: Muchka, Pavel – Mudrová, Ivana – Kořalka, Jiří – Šípek, Richard – Ryšavá, Eva – Johanides, Josef – Pokorná, Magdaléna – Kučera, Martin. Sborník Národního muzea –C 54, 2009, č. 1-4, s. 50-56
• POKORNÁ Magdaléna, “Ty jsi z opětné zas dřímoty Čechů mysl vzkřísil v krušné době.” Publikační možnosti a limity v polovině 19. století, Časopis Matice moravské, Brno : Matice moravská 129, Suppl. 2, 2010, s. 131-137.
• POKORNÁ Magdaléna, “Držím já na císaře… a držím se svým králem”. Výklad světa po revoluci 1848, Český časopis historický 109, 2011, č. 1, s. 44-80.
• POKORNÁ Magdaléna. Česká akademie věd a umění po stu a dvaceti letech (1891-1991-2011), Akademický bulletin  2011, č. 3, s. 7-9.
• POKORNÁ Magdaléna, Reflections on Czech History and Change of Discourses in Historic Interpretations in Mid 19th Century, Prague economic and social history Papers 18, 2013, č. 2, s. 90-98.

Příspěvky (a ediční práce) do monografických publikací a sborníků

A. Ediční práce

• POKORNÁ Magdaléna (ed.). Semináře Výzkumného centra pro dějiny vědy z let 2000-2001. 1. vyd. Praha: Výzkumné centrum pro dějiny vědy v nakladatelství Arenga 2002. ISBN 80-7285-0150-6. ISSN 1213-1199. 296 s.
• Milan HLAVAČKA, Magdaléna POKORNÁ, Tomáš W. PAVLÍČEK et alii, Collective and Individual Patronage and the Culture of Public Donation in Civil Society in the 19th and 20th Centuries in Central Europe, Praha 2010.
• HLAVAČKA Milan, Antoine MARÈS, Magdaléna POKORNÁ et alii, Paměť míst, událostí a osobností. Historie jako identita a manipulace, Praha 2011
• HLAVAČKA Milan a kolektiv, České země v 19. století. Proměny společnosti v moderní době, I, Praha 2014.
• HLAVAČKA Milan a kolektiv, České země v 19. století. Proměny společnosti v moderní době, II, Praha 2014.
• LUFT, R. – HLAVAČKA, M. – LUNOW, U. – POKORNÁ, M. a kol., Bavorsko a české země. Konfrontace a paralely. Praha: Historický ústav AV, 2018, 403 s. ISBN 978-80-7286-320-4..

B. Vlastní příspěvky

• POKORNÁ Magdaléna. Čeští vědci v Prozatímním a Ústavodárném národním shromáždění v období od října 1945 do února 1948. In: Luboš Nový (ed.). Práce z dějin Československé akademie věd, Seria 3A, Praha 1988, s. 85 – 124.
• POKORNÁ Magdaléna. Čeští vědci o vědě a školství v českých politických týdenících z let 1945 – 1948. In: : Luboš Nový (ed.). Práce z dějin Československé akademie věd, Seria 3A, Praha 1988, s.125 – 180.
• POKORNÁ Magdaléna. Světové dějiny na stránkách časopisů doby májové. In: Čechy a Evropa v kultuře 19. století. Praha 1993, s. 59 – 65.
• POKORNÁ Magdaléna. Změny v organizační struktuře české vědy (1945 – 1952). In: Milan Toner, Roman Zaoral (eds.). Historická Olomouc 11, Olomouc, s. 283 – 291.
• POKORNÁ Magdaléna. Ústav pro českou literaturu (prameny k jeho vzniku ve fondu ČAVU). In: Rok 1947. Česká literatura, kultura a společnost v období 1945-48. Praha 1998, s. 145 – 160.
• POKORNÁ Magdaléna. Sjednocením proti jednotě. Spor o podobu nové akademie věd. In: Blanka Zilynská–Petr Svobodný (eds.). Věda v Československu 1945 – 1953, Praha 1999, s. 105 – 121.
• POKORNÁ Magdaléna. Ediční činnost ČSAV 1953 – 1961. In: Hana Barvíková (ed.). Věda v Československu v letech 1953 – 1963, Praha 2000, s. 127 – 154.
• POKORNÁ Magdaléna, Polizeiliche Persekution eines tschechischen Schriftstellers. In: Dušan Kováč, Arnold Suppan, Emilia Hrabovec (Hrsg.). Die Habsburgermonarchie und die Slowaken 1849-1867. Bratislava 2001, s. 61-72.
• POKORNÁ Magdaléna. Královská česká společnost nauk – její místo ve státě, v národě a ve veřejnosti. In: František Šmahel (ed.). Učená společnost České republiky 1994-2004. Praha: Učená společnost České republiky 2004, s. 41-52.
• POKORNÁ Magdaléna. “Čechy spráskají prý nejlépe opět Čechové”. Glosy k fungování předbřeznové cenzury. In: Helena Lorenzová a Taťána Petrasová (Edd.). Biedermeier v českých zemích, Plzeň 2004, s. 71-78.
• POKORNÁ Magdaléna. Jan Laichter – nakladatel českých vědců, nakladatel Naší doby. In: Místo národních jazyků ve výchově, školství a vědě v habsburské monarchii 1867-1918. Position of National Languages In Education, Educational System and Science of the Habsburg Monarchy, 1867-1918. Praha 2003, s. 429- 440.
• POKORNÁ Magdaléna. Slovník vědeckého názvosloví. Nástroj k rozvoji vědy i politické loajality v polovině 19. století. In: . Michal Svatoš, Luboš Velek, Alice Velková za spolupráce W. D. Godseye a R. Melvilla (edd.). Magister noster. Sborník statí věnovaných in memoriam prof. PhDr. Janu Havránkovi, CSc. Praha 2005, s. 241-252.
• POKORNÁ Magdaléna. Josef Dobrovský a Královská česká společnost nauk, In: Vladimír Vavřínek, Hana Gladková, Karolína Skwarska (eds.). Josef Dobrovský Fundator studiorum slavicorum. Praha 2004, s. 41 – 52.
• POKORNÁ Magdaléna.  Hrdinové českých dějin v nehrdinské době. Čítanky a učebnice 50. let 19. století, In: Kateřina Bláhová a Václav Petrbok (Eds.).Výchova a osvěta v české kultuře 19. století, Praha 2004, s. 111 – 116.
• POKORNÁ Magdaléna. Listy z mládí. Ervín Špindler Jaroslavu Gollovi. In: Bohumil Jiroušek, Josef Blüml, Dagmar Blümlová (Eds.). Jaroslav Goll a jeho žáci. České Budějovice 2005, s. 635-646.
• POKORNÁ Magdaléna. Žižkova smrt – letmo na jevišti, léta v policejní režii. In: Jaroslav Vyčichlo a Viktor Viktora (eds.). Jeden jazyk naše heslo buď III. Divadlo národního obrození a jeho souvislosti. Radnice-Plzeň 2005, s.  99-106.
• POKORNÁ Magdaléna. Veřejné mínění po porážce revoluce: vytváření-podoba-sledování, Moderní dějiny. Sborník k dějinám 19. a 20. století 14, Praha 2006, s. 333-355.
• POKORNÁ Magdaléna. Mikovcův Lumír ve světle úředních dokumentů. Spisovatelé, společnost a noviny v proměnách doby. K 150. výročí úmrtí Karla Havlíčka. (=Literární archiv 38), Praha 2006, s. 171-179.
• POKORNÁ Magdaléna. Ženské pokolení v Kocourkově (na příkladu dvou předbřeznových satirických próz). In: Cestou dějin. K poctě prof. PhDr. Svatavy Rakové, CSc., usp. Eva Semotanová, Praha 2007, s. 311-321.
• POKORNÁ Magdaléna.  Archiv český. In:  Per saecula ad tempora nostra. Sborník prací k 60.  narozeninám prof. Jaroslava Pánka, Praha 2007, s. 916-921.
• POKORNÁ Magdaléna. Komise pro ocenění a vydání díla Bolzanova při Královské české společnosti nauk. In: Jiří Pokorný, Luboš Velek a Alice Velková (eds.). Nacionalismus, společnost a kultura ve střední Evropě v 19. a 20. století. Nationalismus, Gesellschaft und Kultur in Mitteleuropa im 19. und 20. Jahrhundert, Praha 2007, s. 405-418.
• POKORNÁ Magdaléna.  (Sebe)reflexe Boženy Němcové na základě její korespondence. In: Milan Vojáček (ed.). Reflexe a sebereflexe ženy v české národní elitě 2. poloviny 19. století. Praha 2007, s. 189- 203.
• POKORNÁ Magdaléna. Publikační možnosti i limity v 50. letech 19. století. Svět Boženy Němcové. In: Ed. Robert Adam. Božena Němcová – jazyková a literární komunikace ve středoevropském kontextu. Sborník z mezinárodního kolokvia. Praha 2007, s. 7-18.
• POKORNÁ Magdaléna. „Starý náš táta Purkyně…“ Purkyňova dvaasedmdesátka (1859) rozzářila Prahu. In: Zdeněk Hojda, Marta Ottlová a Roman Prahl (Eds.). Vetché stáří nebo zralý věk moudrosti? Praha 2009, s.
• Magdaléna Pokorná (spolu s Jiřím Pokorným), Stiftungen und Mäzene in der Zweiten Hälfte des Jahrhunderts in Böhmen, in: Collective nad Individual Patronage and the Culture of Public Donation in Civil Society in the 19th and 2th Centuries in Central Europe. Praha  2010, s. 456-465.
• POKORNÁ Magdaléna, Královská česká společnost nauk, in: Alena Míšková, Martin Franc, Antonín Kostlán (eds.), Bohemia docta. K historickým kořenům vědy v českých zemích, Praha, Academia 2010, s. 58-144.
• POKORNÁ Magdaléna, Atentát na císaře Františka Josefa I. a česká veřejnost, in: Zločin a trest v české kultuře v 19. století. Sborník příspěvků z 30. ročníku sympozia k problematice 19. století, Plzeň, 25.-27. února 2010, usp. Lucie Peisertová, Václav Petrbok a Jan Randák, Praha 2011, s. 59-68
• POKORNÁ Magdaléna – POKORNÝ Jiří, Česká škola národní v polovině 19. století, in: Jana Čechurová, Pavel Andrš, Luboš Velek a kol., Posláním historik. Pocta prof. Robertu Kvačkovi k 80. narozeninám, Praha 2012, s. 144-157.
• POKORNÁ Magdaléna, Biografie – příležitost pro výzkum manželství a rodiny. Příklad Boženy a Josefa Němcových, in: Bohumila Ferenčuhová et alii, Biografia a historiografia: slovenský, český a francúzsky pohľad, Bratislava 2012
• POKORNÁ Magdaléna, ŠÁMAL Petr, JANÁČEK Pavel, České bádání o tiskové a literární cenzuře, in: Tomáš Pavlíček, Petr Píša, Michael Wögerbauer (edd.), Nebezpečná literatura? Antologie z myšlení o literární cenzuře, Brno 2013, s. 485-532.
• POKORNÁ, Magdaléna, Veřejné mínění a společnost pod dohledem, in: Milan Hlavačka a kol., České země v 19. století. Proměny společnosti v moderní době. 2. Praha 2014, resp. 2. vydání 2015, s. 80-130.
• POKORNÁ, Magdaléna, Entwicklung der juridisch-politischen Terminologie für die slawischen Sprachen Österreichs in der Mitte des 19. Jahrhunderts. In: Brauneder, W.- Hlavačka, M. (edd.),  Bürgerliche Gesellschaft auf dem Papier: Konstruktion, Kodifikation und Realisation der Zivilgesellschaft in der Habsburgermonarchie. Berlin : Duncker u. Humblot, 2014, s. 111-121.
• POKORNÁ, Magdaléna, Život na lužanském zámku, in: František Šmahel (usp.), Hlávkovy Lužany, Praha 2014, s. 121-146.
• POKORNÁ, Magdaléna, Sídlo prezidentů České akademie věd a umění a vznik muzea, In: František Šmahel (usp.), Hlávkovy Lužany, Praha 2014, s. 169-182.
• POKORNÁ, Magdaléna, Část třetí. 1848–1863.V zájmu svobody a řádu. Literární cenzura v revoluci a neoabsolutismu. In : Michael Wögerbauer, Petr Píša, Petr Šámal, Pavel Janáček a kol., V obecném zájmu. Cenzura a sociální regulace literatury v moderní české kultuře 1749-2014, Praha. Academia – Ústav pro českou literaturu AV ČR 2015, ISBN 978-80-200-2491-6, s. 345-421.
• POKORNÁ, Magdaléna, Historie girondinů a Žižkova smrt. Dva modelové příklady regulace literárních děl v polovině 19. století. In : Michael Wögerbauer, Petr Píša, Petr Šámal, Pavel Janáček a kol.V obecném zájmu. Cenzura a sociální regulace literatury v moderní české kultuře 1749-2014, Praha. Academia – Ústav pro českou literaturu AV ČR 2015, ISBN 978-80-200-2491-6, s. 423-434.
• POKORNÁ, Magdaléna, „Toto individuum se tam zdržuje ne kvůli udaným rodinným poměrům, ale kvůli literární práci.“ Literární působení a policejní perzekuce Prokopa Chocholouška v letech 1848-1861. In : Michael Wögerbauer, Petr Píša, Petr Šámal, Pavel Janáček a kol., V obecném zájmu. Cenzura a sociální regulace literatury v moderní české kultuře 1749-2014, Praha. Academia – Ústav pro českou literaturu AV ČR 2015, ISBN 978-80-200-2491-6, s. 449-461.
• POKORNÁ, Magdaléna, „Dobře zvolená a účelně vedená četba působí nanejvýš povzbudivě“. Konflikty Františka Josefa Řezáče kvůli zakládání knihoven a kontrole jejich navrhovaného obsahu v letech 1857-1858. In : Michael Wögerbauer, Petr Píša, Petr Šámal, Pavel Janáček a kol., V obecném zájmu. Cenzura a sociální regulace literatury v moderní české kultuře 1749-2014, Praha. Academia – Ústav pro českou literaturu AV ČR 2015, ISBN 978-80-200-2491-6, s. 463-475.
• POKORNÁ, Magdaléna, „…jednou snad budu muset žít tak, jak si to teď připravím“. In: Robert Adam a kol., Karel Havlíček, Korespondence I. 1831-1842, Nakladatelství Lidové noviny, Praha 2016, s. 36-62.
• POKORNÁ, Magdaléna, „Obraz mistra Jana neměl by v žádném obydlí pravého Čecha chyběti.“ Karel Havlíček o Mistru Janu Husovi, in: Petr Sommer a Eva Doležalová (edd.), Středověký kaleidoskop pro muže s hůlkou. Věnováno Františku Šmahelovi k životnímu jubileu, Nakladatelství Lidové noviny, Praha 2016, s. 633-639.
• POKORNÁ, Magdaléna , „Nezbývá mi nic jiného než kutnou pohodit.“ Karel Ninger a Karel Havlíček v korespondenci a v pamětech v polovině 19. století, in: Lucie Rychnovská a kol., Karel Havlíček ve světle korespondence. Praha Nakladatelství Lidové noviny 2016, s.
• studie v časopisech:
• POKORNÁ, Magdaléna, Jan hrabě Harrach a Matice česká. Sborník Národního muzea v Praze. Řada C – Literární historie = Acta Musei Nationalis Pragae. Series C – Historia litterarum 59, 2014, č. 3-4, s. 64-65.
• POKORNÁ, Magdaléna, Reflexe ČAVU v české společnosti na příkladu vztahu Julia Zeyera a Josefa Hlávky. Práce z dějin Akademie věd 7, 2015, s. 19-28.
• POKORNÁ, Magdaléna, “Spočítané” dětství sourozenců Čelakovských. Právněhistorické studie 45, 2015, č. 1, s. 203-212.
• POKORNÁ, Magdaléna, “Podivně se však časy změnily.“ Roztržka mezi Vilémem Gablerem a Václavem Vladivojem Tomkem v roce 1851, AUC Historia Universitatis Carolinae Pragensis, č. 1, 2016, roč. 56, s. 111-119.
• POKORNÁ, Magdaléna, Lajos Kossuth a maďarská revoluce v české společnosti (s důrazem na dílo Karla Havlíčka a Ludvíka Rittersberga), Sborník Národního muzea v Praze. Řada C – Literární historie = Acta Musei Nationalis Pragae. Series C – Historia litterarum, 61, 2016, č. 3-4, s. 49-59.
• POKORNÁ, Magdaléna, „V nynějším čase jsou pozoruhodny Kutnohorské epištoly Karla Havlíčka.“ První životopisec Karla Havlíčka Ludvík Rittersberg, Sborník Národního muzea v Praze. Řada C – Literární historie = Acta Musei Nationalis Pragae. Series C – Historia litterarum 61, 2016, č. 3-4, s. 46-48.
• POKORNÁ, Magdalena. Karel IV. v Praze v roce 1878. In: ŠEBEK, J. a kol. Karel IV. stále živý: odkaz státníka v historiografii a historické paměti. Praha: Historický ústav, 2017, s. 67–80.
• POKORNÁ, Magdalena, Cenzura: Interpretace pojmu v diskursu let 1848-1851. Symboly doby. Historické eseje. Praha: Historický ústav, 2019 – (Hlavačka, M.; Raška, J.), s. 211-220. Práce Historického ústavu AV ČR, v.v.i. Řada A – Monographia, 89.
• POKORNÁ, Magdalena, Svoboda tisku: Interpretace pojmu v diskursu let 1848-1851. Symboly doby. Historické eseje. Praha: Historický ústav, 2019 – (Hlavačka, M.; Raška, J.), s. 191-209. Práce Historického ústavu AV ČR, v.v.i. Řada A – Monographia, 89.
• POKORNÁ, Magdalena, „Člověče, přičiň se, Pán Bůh ti požehná“: HJavlíčkova reflexe biskupského shromáždění ve Vídni v roce 1849, in Robert Adam a kol., Novinář Karel Havlíček a jeho evropské ohlasy, Praha 2019, s. 38-47.
• POKORNÁ, Magdalena., The Matice Česká. The Matica and beyond : cultural associations and nationalism in Europe. 2020: Brill, Leiden – (Lajosi, K.; Stynen, A.), s. 30-47. National cultivation of culture, 21.
• POKORNÁ, Magdalena, Mistr Jan ve víru událostí 184-1851, in:  Doležalová, E.; Holý, M.; Knotková, V.; Ledvinka, V.; Šebek, J. (eds.), Hus – husitství – tradice – Praha. Od reality k mýtu a zpátky. Praha: Historický ústav, 2020 , s. 311-328.
• POKORNÁ, Magdalena, Za revoluce o revoluci (1848-1852). In: Bednář, M.; Hlavačka, M. (eds.), Válka a revoluce jako hybatelé dějin a česká dějinná zkušenost. Praha: Historický ústav, 2021, s. 127-147.
• POKORNÁ Magdalena, Význam Josefa Hlávky a jeho Nadání pro moderní českou společnost, in: Václav Pavlíček (ed.), Josef Hlávka a česká národní a státní identita, Praha 2021, s. 27-32.

• POKORNÁ, Magdalena, František Ladislav Rieger ve světě Karla Havlíčka, in: Viktor Pavlíček a Luboš Velek (eds.), Vůdce národa. František Ladislav Rieger a jeho místo v české politice, kultuře a vědě, Masarykův ústav a Archiv AV ČR, Praha 2021, s. 62-68.

• POKORNÁ, Magdaléna, Havlíčkovo slovanské období v Kutné Hoře,Jonáková, Anna, Velek Luboš (eds.), Havlíčku, Havle! Ke dvoustému výročí narození Karla Havlíčka Borovského.  Masarykův ústav a Archiv AV ČR, Praha 2022, s. 134-142.

Učební texty

Autorský podíl: CD-ROM – Obrazy z českých dějin 1914-2004. Multimediální učební pomůcka pro učitele dějepisu. Smluvní partneři Filozofická fakulta UK v Praze, Ústav pro soudobé dějiny AV ČR, Ministerstvo obrany ČR, Vojenský historický ústav. Realizátor grantového projektu Svaz důstojníků a praporčíků